Ne tik parapijiečių, bet ir visos vyskupijos bei geradarių iš užsienio remiami darbai vyko gana sparčiai ir buvo baigti 1998 m. pirmoje pusėje. 1998 m. liepos 11 d. naująją Vilkaviškio katedrą konsekravo vysk. Juozas Žemaitis MIC, dalyvaujant Apaštaliniam Nuncijui arkivyskupui Erwin Josef Ender, Respublikos prezidentui J. E. Valdui Adamkui, Vilniaus ir Kauno arkivyskupams metropolitams Audriui Juozui Bačkiui ir Sigitui Tamkevičiui SJ, Paderborno (Vokietija) arkivyskupui Johannes Degenhardt, Kölno kardinolo augziliarui vyskupui Manfred Melzer, Elko (Lenkija) vyskupui Wojciech Ziembai, kitiems Lietuvos ir Lenkijos vyskupams, kunigams bei garbingiems svečiams ir minioms tikinčiųjų.

1998 m. rugpjūčio 23 d., švenčiant šv. Jono Krikštytojo Nukankinimo atlaidus, buvo perskaitytas dekretas, kuriuo kanauninkui Vytautui Gustaičiui Šventasis Tėvas suteikė garbės prelato titulą. Taip buvo įvertintas jo darbas atstatant sugriautą katedrą.

2001 m. rugsėjo 2 d. katedroje iškilmingai paminėtas Vilkaviškio vyskupijos 75-erių metų jubiliejus. Iškilmėse dalyvavo Lietuvos ir kaimyninės Lenkijos episkopatų, Seimų ir Vyriausybių, vyskupijos teritorijoje esančių apskričių, miestų ir rajonų valdžios atstovai, katalikiškųjų organizacijų nariai, kunigai, seserys vienuolės, Palaimintojo Jurgio Matulaičio kunigų seminarijos auklėtiniai ir gausi minia tikinčiųjų.

2003 m. liepos 6 d. pašventinti nauji katedros varpai, nulieti Lenkijoje, Kraševskių varpų liejykloje. Mažiausias pavadintas šv. Jono Krikštytojo, vidurinysis – šv. Antano ir šv. Juozapo, o didžiausias – Švč. Mergelės Marijos ir šv. Kazimiero vardu. Šiokiadieniais mažasis varpas skamba prieš rytines Mišias, vidurinysis skelbia vidurdienį ir kviečia į vakaro Mišias, o per iškilmes gaudžia visi trys varpai kartu.